مأموریت مپصا در شناسایی نیازهای کشور و مدیریت آن‌ها بر پایه توان داخلی و انتقال فناوری، از دلایل اصلی شکل‌گیری واحد آب و انرژی است. تغییر اقلیم فلات ایران در سال‌های آینده و لزوم بازنگری در تأمین آب و انرژی کشور، مپصا را به رویکردی نو برای تأمین پایدار آب، تولید انرژی از منابع پاک و تصفیه اقتصادی پساب رساند.
